Škola ve Svaté Maří patří do malé skupiny českých škol na prachatického okresu, u nichž můžeme určit dobu jejího vzniku. Po založení samostatné fary v roce 1735 došlo ve Sv.Maří i k otevření školy. V roce 1802 došlo k opravě kostela a školy, která však nevyhovovala pro zvýšený počet školních dětí a v roce 1822 bylo započato se stavbou nové školní budovy. V této nové škole údajně již vyučoval Pavel Trampus. Po něm následoval učitel M. Kubíček z Bohumilic a ve 30. letech 19. století byl dosazen za učitele do Sv. Maří František Štětka, který zde působil přes 40 let. Jeho nástupcem se stal Václav Vobořil, který se sem nastěhoval 28. února 1878. V červnu téhož roku byla školní budova opravena.
Počet školních dětí stoupal a v roce 1884 dosáhl počtu 217 ( starší údaje o počtu žáků se neuváděly). Okresní školní rada v Prachaticích 20. října 1884 nařídila místní škoní radě rozšíření školy a úpravu kuchyně u bytu řídícího učitele. S přístavbou se začalo v dubnu r. 1887 a již koncem července byla ukončena. Slavnostní posvěcení přístavby se konalo 28. září 1887.
V lednu 1890 se stal zatímním správcem školy Matěj Pozníček, v červenci pak nastoupil místo řídícího učitele Jan Čejka. Ze školního roku 1890/91 se zachoval první seznam dětí ve škole ve Sv. Maří. Na začátku školního roku do ní docházelo 238 a na konci 250 dětí.
Po smrti řídícího učitele Matěje Pozníčka byl jmenován 16. prosince 1917 zatímním správcem školy Alois Řezníček. V důsledku světové války poklesla v roce 1918 také školní docházka. Na počátku školního roku 1920/21 navštěvovalo školu 165 žáků. Počet dětí postupně klesal. Na konci školního roku 1921/22 bylo již 140 žáků, na konci školního roku 1924/25 se snížil počet školních dětí na 117 žáků.
V červenci 1929 odešel řídící učitel Alois Řezníček a jmenována byla Božena Mráčková, která po roce vzdala správy školy a jejím nástupcem se stal Jakub Heral. Na konci školního roku 1931/32 navštěvovalo školu pouze 109 žáků a žákyň.
V červenci roku 1932 se nástupcem Jakuba Herala stala zastupující řídící učitelka Božena Mráčková, která byla od 1. července 1933 jmenována definitvní řídící učitelkou při obecné škole Svatá Maří.Ta byla ale v únoru 1946 přidělena zemskou školní radou na školu v pohraničí a novou řídící učitelkou školy se stala Helena Novákovám která již koncem školního roku 1945/46 požádala o propuštění ze školní služby.
V září 1946 nastoupil učitel Vojtěch Zemek. Do nového školního roku 1946/47 bylo zapsáno 44 dětí. Z důvodů poklesu žáků byla od 1.září 1946 zrušena třetí třída a škola se stala dvoutřídní. Řídícím učitelem od února 1948 byl Josef Michal, kterého od září 1948 vystřídal Vojtěch Zemek, který potom působil na škole až do března 1951. Na počátku školního roku 1948/49 navštěvovalo zdejší školu celkem 43 dětí. V lednu 1946 bylo rozhodnuto, že škola ve Sv. Maří se stane jednotřídní vzhledem k tomu, že počet dětí klesl na 40.
V březnu 1951 byl ustanoven ředitelem školy Jaroslav Pícha, v září nastoupil jako ředitel Bohdan Škornička. Školní rok 1951/52 byl zahájen se 47 žáky. V roce 1952 byla provedena v obci elektrizace obce a při této příležitosti byla zavedena elektřina i do školní budovy. Dne 1.září 1958 nastoupil na školu nový ředitel školy Jiří Had. Na škole v tomto roce bylo celkem 41 dětí. Na začátku školního roku 1970/71 poklesl počet školních dětí na 27, na začátku školního roku 1971/72 to bylo již pouze 16 žáků a žákyň. Dne 1.srpna 1972 předala ředitelka školy Marie Hadová školu nastupující ředitelce Blaženě Svěchotové. Pokles počtu školní mládeže na škole Sv. Maří dále pokračoval a na začátku školního roku 1976/77 bylo ve škole pouze 15 dětí. Pro nedostatek žáků došlo k 31. srpnu 1977 ke zrušení školy.
Teprve po 14 leté přestávce byla škola opět v roce 1991 obnovena.
